民団は在日同胞に対する行政差別、社会的差別の一掃に取り組んだ。民団の先駆的な人権運動は日本の各界にも大きな影響を与えた。

　1966年から71年まで韓日協定に伴う「永住権申請運動」が、民団全組織をあげて推進され、有資格者56万人中36万5000人もの申請をはたした。

　韓日協定で積み残された在日同胞の権益問題を解決するために民団は「権益擁護運動」を全国的に展開、公営住宅の入居や国民年金への加入、金融差別の撤廃、出入国管理法（入管法）の改正、国公立大学教員採用問題、就学案内など、200項目以上あった行政上の国籍要件の撤廃を勝ち取った。